制造執行系統是車間層管理和控制一體化的系統。與流程工業相比，離散制造業的 MES 系統存在如下特點：
1. 離散制造業自身的特性導致生產計劃調度困難。離散制造業企業生產過程是斷續的，生產工藝過程隨零件不同而不同，零件品種規格多，產品結構復雜，使得生產計劃調度十分困難。
圖一：離散制造業MES
2. 不同形態的車間，管理需求不同。離散制造業企業車間的生產對象不一樣，分為鑄造車間、鍛造車間、熱處理、機械加工車間、裝配車間等。生產批量也不同，分為流水生產車間、多品種小批量生產車間。對于不同形態的車間，管理要求不同。
3. 底層自動化程度差別大。對于批量流水生產車間，可能由若干條生產線組成，如汽車生產中的沖壓線、裝焊線、油漆線、總裝線等。
對于多品種機械加工車間，可能包含數控機床組成的柔性制造系統FMS、柔性制造單元FMC、分布式數控系統DNC等。大量的車間由數控單機加若干普通機床構成，有的鉚焊車間基本上是手工作業，沒有底層自動化可言。所以MES與底層控制系統的集成千差萬別。
4. 數據采集方式隨底層自動化的不同而不同。數控機床聯網的系統可以直接從數控系統獲取生產信息和機床運行狀態信息；流水生產線可以設置數據采集點采集生產信息；對于手工作業的車間只能靠條形碼、射頻識別RFID等。
5. 系統集成非常困難。MES系統與ERP的基礎數據、生產計劃、成本管理、質量管理、設備管理、績效管理等有著千絲萬縷的聯系，集成的難度可想而知。MES與底層控制系統的集成也因為設備的千差萬別使集成接口非常困難。
